产学研合作处下设二个科室，现有5名员工，其中高级2人，辖海南软件职业技术学院所属海南生态软件园产学研基地。产学研合作处是推动和管理全校教学研究、科学研究、技术开发、产教融合、校企合作、成果转化、社会服务工作，以及科研仪器设备配置，配合实训（验）场所建设等工作的职能部门。

学校学术委员会秘书处、科学技术协会设于产学研合作处。